1868（庆应4）年5月23日设立兵库县时，原兵库勤番所被设为县厅，后遂将此建筑复原修建成了初代县厅馆。此地历史起源于1580（天正8）年由织田信长的家臣池田恒兴建造的兵库城。据说兵库城采用花隈城的木材建成，北起位于凑町的凑口惣门遗迹，西边经过位于兵库站东边的柳原惣门遗迹，直到真光寺附近，被长约1.5公里的外护城河和防御土垒所环绕。信长去世后，兵库津后来作为丰臣秀吉的直辖地，之后于江户时代成为尼崎藩领地，在内护城河环绕的本丸遗迹内设有阵屋。其后于1769（明和6）年成为幕府直辖地后缩小了规模，改为大坂町奉行所管辖的兵库勤番所。

*勤番：轮班执勤。
*奉行：日本平安时代至江户时代期间的一种官职。
*惣门：城市最外侧的大门
*阵屋：幕府直辖领地所设置的地方官住宅及官厅的建筑