於1868（慶應4）年5月23日設立兵庫縣，設立之時一同將兵庫勤番所設置為縣廳，其後將此建築進行復原建成了初代縣廳館。此地歷史起源於1580（天正8）年由織田信長的家臣池田恒興建造的兵庫城。據說兵庫城採用花隈城的木材建成，北起位於湊町的湊口惣門跡，西邊經過位於兵庫車站東邊的柳原惣門跡，直至真光寺附近，被長約1.5公里的外護城河和防禦工事環繞。織田信長去世後，兵庫津後來作為豐臣秀吉的直轄地，之後於江戶時代成為尼崎藩領地，在內護城河環繞的本丸跡內設置了陣屋。其後1769（明和6）年成為幕府直轄地後縮小了規模，改為大坂町奉行所管轄的兵庫勤番所。

*勤番：輪班執勤。
*奉行：日本平安時代至江戶時代期間的一種官職。
*惣門：城市最外側的大門
*陣屋：幕府直轄領的地方官住宅及官庁設置的建築